2022/01/27追記
受信の音がしたり、未読ありの通知は表示されるけど、メッセーが表示されない！という方は以下をご覧ください。
Thnuderbird起動時に新着の音がして通知も出るのにメッセージが受信トレイに表示されないとき
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Thunderbirdでメールが消える件です。
予兆はあります。（2024年の最近のThunderbird たとえば115とかでは、この予兆はありません）
消える前に、一覧画面の左端に、赤いに「車両通行止め」のような表示されます。
Thunderbirdを再起動させると、赤い印がついていたメールが消えます。
一覧画面でメールが選択されている状態で、キーボードの k を押すと赤い印が表示されます。（2024年の最近のThunderbird たとえば115とかでは、赤い印は表示されません）
「k」なんていうキーは、現在のフォーカスがどこにあるか気にしないで、ついつい押してしまうこと、ありますよね？
このような状態になったメールは「無視スレッド」と呼ばれます。
Thunderbirdの表示設定のデフォルトは、「無視スレッド」を表示しない設定になっているので、Thunderbirdを再起動したりすると「スレッドを無視」と設定されたメールが消えてしまうのです。
消えたメールを再び表示させるためには、メニューバー（表示されていないときはAltキーを押す）から「表示」→「スレッド」→「無視スレッド」を選択します。
こうすると、赤いしるしがついたメールが常に表示されるようになりますが、メール自身は無視スレッドのままなので、それを解除するために、一覧の中から赤い印のついた行のどれでもいいので１つクリックして選択状態にした後、キーボードの k を押すと赤い印が消えます。
まとめです。
無視スレッドではないメールで k を押すと「無視スレッド」になります。
無視スレッドのメールで k を押すと「無視スレッド」は解除されます。
ぐっどらっこ。